分子动力学-分子对接-测试狗科研服务

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分子动力学-分子对接

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项目介绍

分子对接是计算分子间相互作用的方法，用于预测配体（小分子、药物、底物）与受体（蛋白质、核酸、酶）的结合模式、结合亲和力及结合位点；分子动力学则在此基础上对复合物体系进行原子尺度的时间演化模拟，分析结合稳定性、构象变化及结合自由能

样品要求

1. 受体结构文件：蛋白质/核酸的晶体结构（PDB格式），若无可提供氨基酸序列进行同源建模

2. 配体结构文件：小分子结构（SDF、MOL2、SMILES格式）及三维构型

3. 结合位点信息：已知结合位点坐标、活性中心残基，或需进行盲对接

4. 对接参数：对接软件（如AutoDock、Glide、Schrödinger）、对接盒范围、对接精度

5. 分子动力学参数：力场（如AMBER、CHARMM、OPLS）、模拟时长、温度、溶剂模型、离子浓度

6. 输出要求：
- 对接打分及最优结合构象
- 结合模式二维/三维图、相互作用指纹图谱
- 均方根偏差（RMSD）、均方根涨落（RMSF）
- 结合自由能计算（如MM-PBSA/MM-GBSA）
- 氢键及疏水相互作用随时间变化分析

项目案例

常见问题

1、Q1、如果计算结果与预期不符合怎么办？

1.科研计算服务是一个探索的过程，其中存在不确定性。服务方对理论计算得到的数据负责，但不保证理论数据能够与预期结果完全一致。如果需要可以对模型进行适当调整，调整过程中若增加计算或者大规模的重新计算，需增加计算费用，价格另行协商。

2.模拟计算存在不确定性，我们对计算过程的正确性负责。计算开始之后会消耗软件，机时以及人力成本，所以不支持退款，敬请谅解

2、Q2、模拟计算项目服务范围？

1.计算完成之后提供所需的计算方法，计算结果数据和图文，以及关于计算结果中疑问的解答；

2.文章回复意见中模拟计算问题进行适当的解答，若返稿后需要增加计算，需另行收费。

3、Q3、关于模拟计算下单流程是怎么样的呢？

1.如果是确定计算需求，可以直接在测试狗官网选择相应的项目进行下单，提交订单时需填写具体的计算内容，预期结构，分子结构及相关的参考文献。如果网站上没有对应的项目请选择【私人定制】并在需求中写明具体计算内容；

2.如果不能确定计算内容，可以直接联系工作人员进行需求沟通。

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安心测服务说明

7天无理由

7天无理由免费复测

1. 复测保证

如果在订单完成之后7天内对结果存疑,可申请同条件免费复测，更换条件或者参数不能参与免费复测保障服务，全程由专业团队操作，确保结果有效性；

2. 具体细则

每单限1次复测机会，单次需小于5个样品; 此外免费复测样品必须为同一样，私人定制、云视频测试不可享受此服务；

3. 注意事项

如果由于您自身样品的情况(样品有问题/选错测试条件等)将不可享受此服务；

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