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热搜产品: 分子动力学-分子对接生物信息学-网络药理学分子动力学-NEMD方法对材料的热导率计算分子动力学-电池电解液溶剂化结构

一种在计算机中模拟原子和分子运动规律的计算方法。它通过建立原子之间相互作用的物理模型（力场），根据牛顿第二定律，数值求解每个原子随时间演化的运动轨迹。机”，能够在飞秒到微秒甚至更长的时间尺度上，分析分子如何运动、如何相互作用、如何折叠、如何组装，从而揭示材料性质和生物过程的动态本质。

应用领域：

1. 生物医药与药物设计：研究蛋白质折叠/构象变化、药物-靶标相互作用（结合自由能、结合模式）、膜蛋白与细胞膜相互作用、核酸动力学、药物递送系统自组装。

2. 材料科学与纳米技术：研究高分子材料的构象、玻璃化转变、结晶过程；模拟复合材料界面相互作用；研究电池电解质的离子输运、纳米流体限域效应。

3. 化学化工与催化：研究溶液化学（离子水合、质子转移）、界面化学（吸附行为）、探索溶液或酶环境中的反应机理。

计算性质：

1. 体系构建与平衡模拟：构建复杂生物/材料体系模型；能量最小化；在指定系综下进行平衡模拟。

2. 动力学轨迹分析与性质预测：计算结构稳定性指标；分析氢键等非共价相互作用；计算扩散系数、光谱性质等。

3. 热力学与自由能计算：采用MM/PBSA等方法估算结合自由能；应用自由能微扰进行高精度计算；通过伞形采样计算潜在平均力。

4. 增强采样与稀有事件模拟：使用副本交换等方法加速构象空间探索；使用弦方法识别稀有事件路径。

计算软件：

1. GROMACS：开源，生物分子模拟领域应用最广，计算速度极快，并行效率高。

2. AMBER：商业套件，生物体系模拟行业标准之一，力场强大，擅长自由能计算和药物设计。

3. NAMD：开源，专为大规模并行计算设计，擅长超百万原子的巨型生物体系。

4. LAMMPS：开源、高度模块化，在材料科学领域占统治地位，支持原子到介观多种模型。

5. CHARMM：老牌商业/开源软件，力场严谨，在膜蛋白、糖类模拟有特色。

6. DESMOND：商业软件，集成于Schrödinger平台，界面友好，与药物发现流程衔接好。

7. 辅助与专用软件：VMD（可视化分析），PyMOL/ChimeraX（可视化），PLUMED（增强采样插件），MDAnalysis（分析库）。

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成都计算狗数据科技有限公司（以下简称“计算狗”）作为一家为高校、研究院所和企业提供专业高效模拟计算技术支持服务的公司，既有博士领衔的985硕士起步全职技术团队，也有经验丰富的国内外专家组提供技术支持。计算狗可提供多尺度模拟计算解决方案，从微观量子化学、第一性原理、分子动力学到宏观的有限元仿真均可提供，计算服务能力专业高效，数据质量真实严谨，践行用知识服务产业的使命，助力社会创新升级。已为清华、北大、川大、上交、华为海思、韩国成均馆大学、瑞典皇家理工、香港理工等36万余用户提供超62万次科研服务，累计完成400多万课题，并与数千家科研院所与高校保持长期合作。我们的计算+实验合作案例在Nature,Nat.Mater.,Nat.Catal.,J.Am.Chem.Soc.,Angew.Chem.Int.Ed.,NatCommun.,Adv.Mater.等顶级期刊均有发表，客户复购率达94%。

岑望来

副研究员/硕士生导师毕业于四川大学，计算GO高级技术顾问

岑望来 /计算GO高级技术顾问

副研究员/硕士生导师

四川大学

研究领域:

多尺度分子模拟技术与实验设计结合技术，系统构建纳米材料、高分子材料、生物医药等领域中复杂界面的分子界面结构信息、分子间作用关系，拟发展功能性界面构-效关系谱。

发表文章:

Applied Catalysis B-Environmental, ACS Catalysis, Nanoscale, Journal of Materials Chemistry A, ACS Applied Materials & Interfaces, Journal of Physical Chemistry C等。

刘嵚

博士毕业于武汉大学，计算GO高级工程师

刘嵚 /计算GO高级工程师

博士

武汉大学

研究领域:

表面化学，结构力学，光催化等方面的第一性原理模拟计算。

发表文章:

ChemPhysChem, Materials Today Communications, Physical Chemistry Chemical Physics, Journal of Physical Chemistry C, Applied Surface Science等。

宋先雨

博士毕业于华中理工大学，计算GO高级工程师

宋先雨 /计算GO高级工程师

博士

华中理工大学

研究领域:

发表文章:

Macromolecules，Journal of Materials Chemistry A，Chemical Engineering Science，Journal of Physical Chemistry C，Langmuir等。

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