分子动力学-同源建模-测试狗科研服务

预存

{{couponData.name}} ￥{{Math.floor(couponData.money)}} {{couponData.discount}}折￥{{couponData.random_min_money | int}}~{{couponData.random_max_money|int}}

{{timeH}}:{{timeM}}:{{timeS}}

{{couponData.name}} ￥{{Math.floor(couponData.money)}} {{couponData.discount}}折￥{{couponData.random_min_money | int}}~{{couponData.random_max_money|int}} （{{couponData.min_amount==1?'无门槛':'满'+Math.floor(couponData.min_amount)+'可用'}}）

距失效

{{timeH}}

时

{{timeM}}

分

{{timeS}}

秒

Document

当前位置：模拟计算 › 分子动力学 ›

分子动力学-同源建模

98%

满意度

分子动力学-同源建模

预存专享优惠

已预约：

1896次

服务周期：

平均7个工作日完成

优惠券：

无门槛 8.8折

更多 >

立即下单

咨询价格

收藏

如有各类设备采购需求，请联系专属顾问。

项目介绍

同源建模是一种基于已知同源蛋白晶体结构（模板）预测未知结构蛋白三维构型的计算方法；结合分子动力学模拟，对建模得到的初始结构进行原子尺度弛豫与优化，修正不合理构象，获得稳定可靠的蛋白三维结构模型。

样品要求

1. 目标蛋白信息：
- 氨基酸序列（FASTA格式）
- 目标蛋白名称及来源物种（可选）

2. 模板信息（可选）：
- 已知同源蛋白的PDB ID及序列相似性（通常需>30%）
- 若无指定，由模拟方通过BLAST/PSI-BLAST搜索合适模板

3. 建模参数：
- 建模软件（如Modeller、SWISS-MODEL、Rosetta）
- 是否需建模多聚体、是否含配体/辅因子/金属离子

4. 分子动力学优化参数：
- 力场类型（如AMBER、CHARMM）
- 模拟时长（如10-50 ns用于结构弛豫）
- 溶剂模型、温度、离子浓度

5. 输出要求：
- 目标蛋白三维结构模型（PDB格式）
- 模板与目标序列比对结果
- 模型质量评估：拉氏图（Ramachandran plot）、ERRAT、QMEAN、DOPE评分
- MD优化后的最终稳定构象
- RMSD随时间变化曲线（验证结构稳定性）

6. 计算资源：如需超算机时，需明确模拟时长与体系规模

项目案例

常见问题

1、Q1、如果计算结果与预期不符合怎么办？

1.科研计算服务是一个探索的过程，其中存在不确定性。服务方对理论计算得到的数据负责，但不保证理论数据能够与预期结果完全一致。如果需要可以对模型进行适当调整，调整过程中若增加计算或者大规模的重新计算，需增加计算费用，价格另行协商。

2.模拟计算存在不确定性，我们对计算过程的正确性负责。计算开始之后会消耗软件，机时以及人力成本，所以不支持退款，敬请谅解

2、Q2、模拟计算项目服务范围？

1.计算完成之后提供所需的计算方法，计算结果数据和图文，以及关于计算结果中疑问的解答；

2.文章回复意见中模拟计算问题进行适当的解答，若返稿后需要增加计算，需另行收费。

3、Q3、关于模拟计算下单流程是怎么样的呢？

1.如果是确定计算需求，可以直接在测试狗官网选择相应的项目进行下单，提交订单时需填写具体的计算内容，预期结构，分子结构及相关的参考文献。如果网站上没有对应的项目请选择【私人定制】并在需求中写明具体计算内容；

2.如果不能确定计算内容，可以直接联系工作人员进行需求沟通。

学术文章

30

中国科学院化学研究所，最新JACS！

第一作者： Shunhan Jia 通讯作者：韩布兴院士、孙晓甫研究员通讯单位：中国科学院化学研...

项目推荐

文章推荐

分子动力学-同源建模

立即下单

安心测服务说明

7天无理由

7天无理由免费复测

1. 复测保证

如果在订单完成之后7天内对结果存疑,可申请同条件免费复测，更换条件或者参数不能参与免费复测保障服务，全程由专业团队操作，确保结果有效性；

2. 具体细则

每单限1次复测机会，单次需小于5个样品; 此外免费复测样品必须为同一样，私人定制、云视频测试不可享受此服务；

3. 注意事项

如果由于您自身样品的情况(样品有问题/选错测试条件等)将不可享受此服务；

我知道了

超时全额退

7天无理由

超时全额退服务说明

1. 超时全额退

正常预约同步辐射XAFS测试固定机时且样品正常邮寄至对应测试线站，如无不可抗力影响（停电/掉光/自然灾害/政策影响等），测试超时5个工作日未发数据，全额退款。

2. 具体细则

以预约的固定测试机时时间后第一个工作日为起始日期，需满足完成下单、预约机时、按照预定时间送样条件，不满足前述条件的样品不参与此活动（具体时间预约请联系工作人员确认）。

3. 注意事项

如果由于您自身样品的情况，如风险测试样、样品不满足测试要求，将不可享受此权益（样品风险及测试等问题可在下单前联系工作人员确认）；非固定测试机时的订单不参与超时全额退，其他测试权益正常（详情可联系工作人员）。

我知道了

举报有奖

TEL: 191-3608-6524

如：在网络上恶意使用“测试狗”等相关关键词误导用户点击、恶意盗用测试狗商标、冒称官方工作人员等情形，请您向我们举报，经查实后，我们将给予您奖励。

举报内容：

200

上传附件：

文件格式不正确，请重新上传文件格式不正确，请重新上传文件格式不正确，请重新上传

文件格式：jpg、jpeg、png、gif、tif、doc、docx、ppt、pptx、xls、xlsx、pdf、zip、rar

联系方式

姓名

电话

提交意见

意见反馈

Suggestions

您可以在此留下您宝贵的意见，您的意见或问题反馈将会成为我们不断改进的动力。

意见类型

测试服务

网站功能

财务报账

其他类型

意见内容

200

联系方式

姓名

电话

提交意见

+

你好，很高兴为您服务！

发送