分子动力学-同源建模-测试狗科研服务

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分子动力学-同源建模

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项目介绍

目前的获得蛋白结构的方式主要有三种：X-ray，NMR和电镜。如果实验室没有此条件，计算机模拟手段可以解决未知蛋白的三维空间结构，为您的课题提供助力；也可以通过同源建模或者从头建模方式计算获得空间三维结构，便于后期药学、分子生物学等课题的开展。同源建模Homology modeling是利用已知的蛋白质三级结构为参照，分析氨基酸序列相近的新蛋白的三级结构的技术。给定氨基酸序列，通过Modeller等建模软件获取蛋白质建模三维结构，并通过分子动力学分析获取初步的可靠蛋白结构。若同源相似性较低的蛋白，可以通过从头建模Rosetta软件进行预测蛋白三维结构。

样品要求

必需：目标蛋白的氨基酸序列（FASTA格式）。可选/建议：已知的相关同源蛋白PDB ID、需要特别关注的活性位点或突变位点信息。

项目案例

常见问题

1、Q1、如果计算结果与预期不符合怎么办？

1.科研计算服务是一个探索的过程，其中存在不确定性。服务方对理论计算得到的数据负责，但不保证理论数据能够与预期结果完全一致。如果需要可以对模型进行适当调整，调整过程中若增加计算或者大规模的重新计算，需增加计算费用，价格另行协商。

2.模拟计算存在不确定性，我们对计算过程的正确性负责。计算开始之后会消耗软件，机时以及人力成本，所以不支持退款，敬请谅解

2、Q2、模拟计算项目服务范围？

1.计算完成之后提供所需的计算方法，计算结果数据和图文，以及关于计算结果中疑问的解答；

2.文章回复意见中模拟计算问题进行适当的解答，若返稿后需要增加计算，需另行收费。

3、Q3、关于模拟计算下单流程是怎么样的呢？

1.如果是确定计算需求，可以直接在测试狗官网选择相应的项目进行下单，提交订单时需填写具体的计算内容，预期结构，分子结构及相关的参考文献。如果网站上没有对应的项目请选择【私人定制】并在需求中写明具体计算内容；