分子动力学-同源建模-测试狗科研服务

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分子动力学-同源建模

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项目介绍

同源建模是一种基于已知同源蛋白晶体结构（模板）预测未知结构蛋白三维构型的计算方法；结合分子动力学模拟，对建模得到的初始结构进行原子尺度弛豫与优化，修正不合理构象，获得稳定可靠的蛋白三维结构模型。

样品要求

1. 目标蛋白信息：
- 氨基酸序列（FASTA格式）
- 目标蛋白名称及来源物种（可选）

2. 模板信息（可选）：
- 已知同源蛋白的PDB ID及序列相似性（通常需>30%）
- 若无指定，由模拟方通过BLAST/PSI-BLAST搜索合适模板

3. 建模参数：
- 建模软件（如Modeller、SWISS-MODEL、Rosetta）
- 是否需建模多聚体、是否含配体/辅因子/金属离子

4. 分子动力学优化参数：
- 力场类型（如AMBER、CHARMM）
- 模拟时长（如10-50 ns用于结构弛豫）
- 溶剂模型、温度、离子浓度

5. 输出要求：
- 目标蛋白三维结构模型（PDB格式）
- 模板与目标序列比对结果
- 模型质量评估：拉氏图（Ramachandran plot）、ERRAT、QMEAN、DOPE评分
- MD优化后的最终稳定构象
- RMSD随时间变化曲线（验证结构稳定性）

6. 计算资源：如需超算机时，需明确模拟时长与体系规模

项目案例

常见问题

1、Q1、如果计算结果与预期不符合怎么办？

1.科研计算服务是一个探索的过程，其中存在不确定性。服务方对理论计算得到的数据负责，但不保证理论数据能够与预期结果完全一致。如果需要可以对模型进行适当调整，调整过程中若增加计算或者大规模的重新计算，需增加计算费用，价格另行协商。

2.模拟计算存在不确定性，我们对计算过程的正确性负责。计算开始之后会消耗软件，机时以及人力成本，所以不支持退款，敬请谅解

2、Q2、模拟计算项目服务范围？

1.计算完成之后提供所需的计算方法，计算结果数据和图文，以及关于计算结果中疑问的解答；

2.文章回复意见中模拟计算问题进行适当的解答，若返稿后需要增加计算，需另行收费。

3、Q3、关于模拟计算下单流程是怎么样的呢？

1.如果是确定计算需求，可以直接在测试狗官网选择相应的项目进行下单，提交订单时需填写具体的计算内容，预期结构，分子结构及相关的参考文献。如果网站上没有对应的项目请选择【私人定制】并在需求中写明具体计算内容；

2.如果不能确定计算内容，可以直接联系工作人员进行需求沟通。

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