分子动力学-同源建模-测试狗科研服务

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分子动力学-同源建模

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分子动力学-同源建模

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项目介绍

目前的获得蛋白结构的方式主要有三种：X-ray，NMR和电镜。如果实验室没有此条件，计算机模拟手段可以解决未知蛋白的三维空间结构，为您的课题提供助力；也可以通过同源建模或者从头建模方式计算获得空间三维结构，便于后期药学、分子生物学等课题的开展。同源建模Homology modeling是利用已知的蛋白质三级结构为参照，分析氨基酸序列相近的新蛋白的三级结构的技术。给定氨基酸序列，通过Modeller等建模软件获取蛋白质建模三维结构，并通过分子动力学分析获取初步的可靠蛋白结构。若同源相似性较低的蛋白，可以通过从头建模Rosetta软件进行预测蛋白三维结构。

样品要求

1. 科研计算服务是一个探索的过程，其中存在不确定性。所有模拟计算只保证计算方法正确，至于结果是否完全符合客户预期无法保证。

（例如，DFT所用泛函本身采用了很多近似；另外当前的模拟方法也存在很多近似（例如OER过程的吉布斯自由能计算中会忽略掉催化剂的表面电荷富集效应与溶剂效应等），这都有可能导致计算结果和实验结果出现分歧（即某一问题可能是多种因素共同作用的结果，单纯考虑其中某一作用不足以反应要研究的问题本质，目前也尚未有任何计算方法可以完全实现模拟仿真条件与真实实验条件的完全一致，因此研究问题的哪个方面需要由客户最终决定），因此，我们在计算过程中会尽可能减少可以避免的误差，但是有些误差受限于理论本身，不可避免，我们对此引发的后果不承担任何责任。此外，分子力学或者分子动力学等基于分子力场的模拟计算重现性可能不如第一性原理计算，因此不保证两次独立的相同体系相同任务的模拟可以得到完全定量一致的结果，对此引发的分歧，我们不承担任何责任）。

2. 请提供关于结构或者实验条件尽可能详细的信息。

比如材料中是否有缺陷，空位，是异质结，还是负载团簇模型等。如果不提供影响计算的关键信息，计算老师按着自己的理解去计算，由此导致的结果和费用，请客户自行承担。

3. 原始数据保存6个月。

由于超算平台的数据吞吐量较大，因此原始数据我们无偿为客户保存6个月，超过6个月的原始数据将会被删除，请客户知晓。且在6个月内只提供原始数据，不再接受其他相关请求。

4. 严格按照计算方案约定计算

除本方案约定内容之外，客户如有其他特殊需求，请提前告知。如果需要补充计算可以补充下单。本着学术严谨的态度，我们无法接受“人为调一下结果”，“调下参数使之更靠近我的预期”此类要求，所有计算结果尊重原始结果数据，敬请客户不要提出这种要求。如果客户下单后，又提出此类要求，我们有权利退单，由此造成的机时浪费及经济损失由客户承担。

5. 客户如对计算结果有异议，可以申请复核。

复核仅仅检查“计算方法是否存在错误”，“计算参数是否不合理”，“数据导入过程是否存在失误”等问题，如果上述检查均没有问题，则认定计算结果不存在理论上的错误，这种情况下，不接受任何无偿性质的计算测试以及重新计算要求，请客户知晓！

项目案例

常见问题

1、Q1、如果计算结果与预期不符合怎么办？

1.科研计算服务是一个探索的过程，其中存在不确定性。服务方对理论计算得到的数据负责，但不保证理论数据能够与预期结果完全一致。如果需要可以对模型进行适当调整，调整过程中若增加计算或者大规模的重新计算，需增加计算费用，价格另行协商。

2.模拟计算存在不确定性，我们对计算过程的正确性负责。计算开始之后会消耗软件，机时以及人力成本，所以不支持退款，敬请谅解

2、Q2、模拟计算项目服务范围？

1.计算完成之后提供所需的计算方法，计算结果数据和图文，以及关于计算结果中疑问的解答；

2.文章回复意见中模拟计算问题进行适当的解答，若返稿后需要增加计算，需另行收费。

3、Q3、关于模拟计算下单流程是怎么样的呢？

1.如果是确定计算需求，可以直接在测试狗官网选择相应的项目进行下单，提交订单时需填写具体的计算内容，预期结构，分子结构及相关的参考文献。如果网站上没有对应的项目请选择【私人定制】并在需求中写明具体计算内容；