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蛋白泛素化修饰(Ubiquitination)

蛋白泛素化修饰(Ubiquitination)

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项目介绍

     蛋白泛素化修饰(Ubiquitination)常伴随泛素-蛋白酶体降解,引起蛋白稳定性变化,参与增殖凋亡、内吞、免疫等各种生物调控过程。其发生过程是通过一个三酶级联 (E1-E2-E3)反应,使得单或多个泛素分子连接到蛋白氨基酸(Lys)侧链上,并常伴随蛋白酶体降解,调控蛋白表达水平变化。发生泛素化修饰的赖氨酸共价连接泛素分子,即两个甘氨酸K-ε-GG残基,使分子量产生114.1 Da的质量偏移。利用质谱可准确测定分子量是否发生114.1Da的质量偏移,从而检测泛素化修饰肽段及位点。 4D-label free泛素化蛋白组学是基于timsTOF Pro质谱仪,通过数据依赖性采集-同步累积连续碎裂(ddaPASEF)扫描模式进行泛素化差异蛋白质组学分析。4D-label free修饰组,利用了离子淌度分离,能根据分子的形状、截面积属性,可有效区分修饰同分异构多肽,极大提高修饰的鉴定深度,以更少上样量、更快扫描速度,实现蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。

技术路线

技术优势

1. 4D技术加持,提高定量的准确性、鉴定深度,更加适合微量样本;

2. 克服标记定量蛋白质组学技术在样本数量上的限制,灵活方便;

3. 基于质谱平台(Bruker timsTOF pro),检测速度提升近一倍;

4. 经验丰富——超18年蛋白平台服务经验,拥有丰富的高水平项目文章;

5. 数据保证——采用进口金标抗体,数据结果稳定可靠;

6. 系统解决方案——提供修饰组学至验证、上下游联合分析,实现快捷”一站式”服务。

数据分析

1、标准数据分析内容

鉴定分析:鉴定与定量结果统计;单个样本蛋白质鉴定结果统计;韦恩图。

表达差异分析:差异结果统计;差异结果柱状图;火山图;聚类分析图。

多组的比较分析(组别>=3):mufzz聚类;雷达图;箱线图。

功能分析:亚细胞定位;结构域分析;GO功能分析;KEGG通路分析;互作网络分析。

质量控制分析:肽段离子质量偏差分布、肽段例子得分分布、蛋白质丰度比分布。

2、高级数据分析

功能分析:GSEA富集分析。

临床药物研究:药物靶点注释。

标志物筛选:集成机器学习。

与临床表征的联合分析:热图;弦图;ROC分析;WGCNA分析。

推荐组合产品

蛋白表达水平全面解析:转录组+蛋白组+泛素化组。

推荐应用领域

1. 植物发育与抗逆;

2. 感染与免疫研究;

3. 衰老再生及退行性疾病。


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