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蛋白修饰位点motif分析

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项目介绍

     大规模的蛋白质组学实验可以在一次实验中鉴定出数千种蛋白质翻译后修饰位点,了解引起这些修饰的潜在生物学过程是蛋白质组学的重要研究方面,例如了解酶对其底物的偏好性可以帮助阐明它们涉及的生物途径。由于酶对给定底物的部分生化偏好可能是由修饰位点周围的残基决定的,因此生物化学家将研究重点放在确定引起特定酶 - 底物相互作用的关键相邻残基上,这种蛋白或多肽序列形成的特定残基模式称为基序(Motif)。

分析方法

      使用 Motif-x 或 iceLogo 分析方法预测修饰位点的潜在基序(Motif)特征。将鉴定到的修饰位点上下游各 10 个(磷酸化修饰为上下游各 6 个)氨基酸组成的肽段序列作为分析对象,背景为物种中所有潜在发生修饰位点上下游各 10 个(磷酸化修饰为上下游各 6 个)氨基酸组成的肽段序列,从翻译后修饰位点周围提取具有统计学意义的生物学基序 。

项目案例

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