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    蛋白甲基化修饰(Methylation)

    蛋白甲基化修饰(Methylation)

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    蛋白组学项目
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    罗老师

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    项目介绍

         蛋白甲基化(Methylation)能修饰组蛋白、转录因子等蛋白,参与基因表达调控、相互作用等多种过程中,其发生过程是在甲基酶的作用下将甲基转移到蛋白质的特定氨基酸残基上。蛋白质的甲基化通常发生在精氨酸和赖氨酸上,可同时连接最多3个甲基基团,其单/双/三甲基化的分子量会相应增加14.02 Da/28.03 Da/42.05 Da。质谱可准确测定这些分子量的变化,检测甲基化修饰肽段及位点的分析。 4D-label free甲基化修饰蛋白组学是基于timsTOF Pro质谱仪,通过数据依赖性采集-同步累积连续碎裂(ddaPASEF)扫描模式进行甲基化差异蛋白质组学分析。4D-label free修饰组,利用了离子淌度分离,能根据分子的形状、截面积属性,可有效区分修饰同分异构多肽,极大提高修饰的鉴定深度,以更少上样量、更快扫描速度,实现蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。

    技术路线

         蛋白质甲基化通常发生在精氨酸和赖氨酸上,可同时连接最多3个甲基基团,其单/双/三甲基化的分子量会相应增加14.02 Da/28.03 Da/42.05 Da。质谱可精确测定这些分子量的变化,检测甲基化修饰肽段及位点的分析。

    技术优势

    1. 4D技术加持,提高定量的准确性、鉴定深度,更加适合微量样本;

    2. 克服标记定量蛋白质组学技术在样本数量上的限制,灵活方便;

    3. 技术平台——基于代质谱平台(Bruker timsTOF pro),检测速度提升近一倍;

    4. 经验丰富——超16年蛋白平台服务经验,拥有丰富的高水平项目文章;

    5. 数据保证——采用进口金标抗体,数据结果稳定可靠;

    6. 系统解决方案——提供修饰组学至验证、上下游联合分析,实现快捷”一站式”服务。

    数据分析

    1、标准数据分析内容

    鉴定分析:鉴定与定量结果统计;单个样本蛋白质鉴定结果统计;韦恩图。

    表达差异分析:差异结果统计;差异结果柱状图;火山图;聚类分析图。

    多组的比较分析(组别>=3):mufzz聚类;雷达图;箱线图。

    功能分析:亚细胞定位;结构域分析;GO功能分析;KEGG通路分析;互作网络分析。

    质量控制分析:肽段离子质量偏差分布、肽段例子得分分布、蛋白质丰度比分布。

    2、高级数据分析

    功能分析:GSEA富集分析。

    临床药物研究:药物靶点注释。

    标志物筛选:集成机器学习。

    与临床表征的联合分析:热图;弦图;ROC分析;WGCNA分析。

    推荐应用领域

    1. 染色质结构以及转录调控;

    2. 稳定蛋白质,调控蛋白转录以及结合活性、DNA复制和损伤;

    3. 癌症、衰老、老年痴呆等许多疾病密切相关,是表观遗传学的重要研究内容。


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