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微生物多样性测序

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一、细菌的 16S rDNA 序列在不同的物种间是高度保守的,不同的物种间序列是不一样的,因而对此序列通过PCR 扩增、测序,与 GenBank 中的已知序列进行比对后,则可判定细菌种类,将其划分到属或种。16srDNA (16SrRNA 为核糖体的 RNA 的一个亚基,16srDNA 就是编码该亚基的基因)鉴定是指用利用细菌 16srDNA 序列测序的方法对细菌进行种属鉴定。16srDNA 是细菌染色体上编码 16srRNA 相对应的 DNA 序列,存在于所有细菌染色体基因中。 rRNA 指的是 rDNA 的转录产物,它是构成核糖体的重要成分,核糖体由许多小的 rRNA 分子组装而成,16S rRNA 是其中一个组件,一般所分析的对象都是 16s rDNA,因为 DNA 提取容易,也比较稳定。


二、真菌的 ITS 序列在不同的物种间是高度保守的,不同的物种间序列是不一样的,因而对此序列通过扩增、测序,与GenBank 中的已知序列进行比对后,则可判定真菌种类,将其划分到属或种。

真菌鉴定 4 种基因标记:

1、ITS:内部转录间隔区(internal transcribed spacer of RNA Pol1),rRNA经翻译后修饰移除部分,共两个间隔区,包括5.8S 基因;

2、LSU:28S 核糖体大亚基(28S nuclear ribosomal large subunit rRNA);

3、SSU:18S 核糖体小亚基 (18S nuclear ribosomal small subunit rRNA);

4、RPB1:RNA 聚合酶 2 最大亚基(the largest subunit of RNA polymerase II),单拷贝,遗传趋异慢。

内转录间隔区 ITS 由于不需要加入成熟核糖体,因此在进化过程中能够承受更多的变异,属于中度保守的区域,其保守性基本上表现为种内相对一致,种间差异比较明显。这种特点使 ITS 适合于真菌物种的分子鉴定以及属内物种间或种内差异较明显的菌群间的系统发育关系分析。


三、微生物多样性测序(又称扩增子测序)是利用二代测序平台,对16S rDNA /ITS 功能基因等特定区段 PCR产物进行高通量测序,突破传统微生物不可培养的缺点,获得环境样本中的微生物群落结构、进化关系以及微生物与环境相关性等信息。

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制样要求

1.送检的菌种样品必须确保无致病性,并在无致病性栏中填写无;有致病性的样品我们只接受基因组DNA,样品有致病性,导致污染和扩散,由提供方承担相应后果;

2.若样品为基因组DNA,DNA浓度>20ng/ul,体积大于20ul;如果是菌种,请送培养好的菌;

3.菌种不纯会导致测序出现套峰,因此得不到鉴定结果,如遇这种情况,正常收费;

4.对于鉴定的菌株,我们不做备份及保留,请送检之前做好保种工作,如有疑问请在收到结果7个工作日内联系我们,过期我们会销毁样品,不予处理;

5.如样品原因扩增不成功导致鉴定失败,会取消该样品的项目服务;若因用户提供的样品与需要鉴定的类型不符,导致实验失败,委托人需支付全部项目费用;

6.样本处理时,需避免污染,且需要干冰寄送的样本,请提前自行准备干冰。

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Alpha多样性指数差异箱形图

PCoA分析

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