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项目介绍

宏转录组学(Metatranscriptomics)的研究对象是微生物组mRNA,在获取微生物组总RNA并去除rRNA之后,反转录为cDNA,并构建合适长度的插入片段文库,对这些文库进行双端(Paired-end,PE)高通量测序,从而能精确定量整个菌群中具有活性的物种精细组成及其对应功能的表达水平,进而锁定菌群中的关键生物标记物、阐明其生物学意义。

实验流程:

分析流程:

项目案例

样品要求

1. cDNA:浓度≥20 ng/μL,总量≥1 μg,必须是双链cDNA;

2. RNA:浓度≥100 ng/μL,总量≥4 μg,并确保RNA无降解;

3. 土壤、污泥等原样,至少提供1.5g;

4. 样品保存期间切忌反复冻融,送样时干冰运输。

常见问题

Q1、宏转录组测序有哪些特点?


1、直接对群落样本中的转录本进行测序,真实再现群落的活性功能;

2、业界公认的总RNA 提取方法和rRNA 去除技术,稳定;

3、使用Illumina NovaSeq高通量测序平台,速度更快周期更短;

4、功能+物种,双管齐下;拼接+不拼接,各取所长,实现对物种和功能的“高分辨率”精确定量;

5、根据样本、数据特征,自动选择分析流程,多种功能注释数据库可选,优化宏基因组功能代谢谱注释;

6、通过多种多变量统计分析和机器学习方法,系统、深入地挖掘宏转录组大数据中差异相关的关键物种和关键功能,识别关键生物标记物。

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