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    转录组学

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    项目介绍

    转录组（transcriptomics）测序的研究对象为特定细胞或组织在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA。相对于传统的芯片杂交平台，转录组测序无需预先针对已知序列设计探针，即可对任意物种的整体转录活动进行检测，提供更准确的数字化信号，更高的检测通量以及更广泛的检测范围，是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。基于高通量测序平台的转录组测序技术能够全面获得物种特定组织或器官的转录本信息，从而进行基因表达水平研究、新转录本发现研究、转录本结构变异研究等。

    实验流程：

    项目案例

    miRNA 各位点碱基偏好性

    单碱基质量分布图

    差异表达基因MA图

    样品要求

    1、样品保存期间切忌反复冻融，送样时使用干冰运输。

    2、部分送样要求参考下表。

    常见问题

    Q1、真核转录组常规建库流程

    1）通过磁珠和mRNA的polyA结构将mRNA分离出来；

    2）mRNA片段化；

    3）mRNA反转录为双链结构，第二链cDNA合成时，其中的碱基T，被替换成U，从而达到链特异性文库的目的；

    4）5’末端修复、3’末端加A；

    5）加接头；

    6）选择特异长度回收，一般为300bp；

    7）PCR；

    8）上机测序。

    Q2、原核转录组测序用到哪些试剂？

    1）RNA提取：Trizol Reagent；

    2）核糖体RNA去除：IlluminaRibo-Zero™ Magnetic Kit；

    3）文库构建：IlluminaTruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit；

    4）上机测序IlluminaNextSeq™500 High Output Kit v2。

    Q3、什么是小RNA测序？

    Small RNA测序，研究某一物种特定组织在特定状态下的已知SmallRNA，也可发现新的或该物种的Small RNA并预测其靶基因，为研究Small RNA的功能及此物种的基因调控机制提供了有力工具。Small RNA主要包括微RNA（miRNA）、小干扰RNA（siRNA）、与piwi相互作用的RNA（piRNA）三类。

    Q4、哪些物种可以研究lncRNA？

    要做lncRNA分析，对物种有以下要求：

    a. 物种为真核生物；

    b. 物种具有参考基因组；

    c. 具有较为完整的注释。

    Q5、为什么CircRNA测序的研究比较热？

    1）多角度阐述分子生物学问题的需要；

    2）从新的角度发现导致样本存在差异的需要；

    3）寻找影响疾病发生的分子标记；

    4）探究circRNA的未知功能；

    5）寻找导致microRNA表达发生变化的机理。

    Q6、全转录组测序是怎么做的？

    全转录组测序是将样品分为两份，构建2个文库，1个小RNA文库（包含miRNA）和一个去除核糖体的链特异性文库（包含mRNA，lncRNA，和circRNA），然后分别上机测序，最后主要获得4类RNA——miRNA，lncRNA，mRNA，circRNA的序列信息。

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