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项目介绍

生物体的基因表达是通过基因的转录、翻译来实现功能性基因产物的合成，基因表达产物通常是蛋白质。转录本可以反映转录调控机理，转录调控涉及到广泛的生物学功能。蛋白质是生物体功能的执行者，对其表达水平的研究至关重要。因而，关联转录组学和蛋白组学数据，可以系统、动态的描述遗传物质在生物体内的表达过程，对探索生命体生物学机制、疾病机理、医疗诊断、药物研发等提供有力帮助。关联分析的前提：1、要求提供的转录组样本名称与蛋白组样本名称保持一致，确保转录组与蛋白组数据来源于相同样本。2、转录组为有参分析，需提供参考基因组数据库网站链接。若为无参分析，蛋白组数据需要采用转录组数据翻译的蛋白序列作为数据库。

方法分析

蛋白组与转录组表达差异关联分析

分别对蛋白组和转录组进行差异分析，筛选出显著差异表达的转录本和蛋白，分析显著差异表达的转录本与蛋白之间的交叠情况。然后根据基因在不同水平（转录水平、蛋白水平）差异表达情况进行分类，并对不同分类下的基因集进行 GO 和 KEGG 通路的富集与聚类分析。

蛋白组与转录组表达一致性关联分析

首先，通过皮尔森相关性分析和 PCA 分析，比较重复样本在转录水平和蛋白水平表达量的重复性，同时用散点图展示样本在转录水平和蛋白水平表达的相关性。其次，通过每个基因转录水平和蛋白水平表达的皮尔森相关系数累积分布图来体现多个实验条件下处理的样本在蛋白组与转录组之间的定量相关性，然后基于基因的皮尔森相关系数数据，对基因做 KEGG通路GSEA 富集分析，揭示不同调节关系下蛋白或转录本潜在参与的通路过程。最后，为探究多个处理条件下基因在转录水平和蛋白水平之间的潜在关系，将蛋白与转录组的表达量通过层次聚类分成 6 大类，每种分类中蛋白与转录本在表达量上存在特定的关系，并对每类蛋白进行GO和KEGG富集分析。

项目案例

基因在转录水平与蛋白水平表达量的皮尔森相关系数分布图

基于皮尔森相关系数的KEGG通路GSEA分析结果图

转录组与蛋白组表达量聚类热图

Cluster分类中基因的KEGG通路富集分析气泡图

样品要求

详情请联系技术经理。

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