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    分子动力学-分子自组装

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    分子动力学-分子自组装

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    项目介绍

    利用分子动力学方法，模拟分子在特定条件下通过非共价相互作用（氢键、疏水作用、π-π堆积、范德华力等）自发形成有序结构的动态过程，从原子尺度揭示自组装机制、形貌演化及热力学/动力学驱动力。

    样品要求

    1. 组装分子信息：
    - 分子结构文件（MOL2、PDB、SDF格式）
    - 分子化学式、拓扑结构及两亲性质（疏水/亲水链段）
    - 分子数目或浓度（如分子个数、模拟盒尺寸）


    2.     环境条件：
    - 溶剂类型（水、有机溶剂、混合溶剂）及水分子模型（TIP3P、SPC/E）
    - 温度、压力、离子种类及浓度
    - pH条件（影响离子化基团）


    3.     力场参数：指定力场类型（如OPLS-AA、CHARMM、COMPASS、Martini粗粒化）或由模拟方推荐


    4.     模拟时长与规模：总模拟时长（通常100 ns ~ 数μs）、体系原子数/分子数规模


    5.     输出要求：
    - 组装形貌演化过程及最终构象快照
    - 聚集数、胶束尺寸、形状参数（如长径比）
    - 径向分布函数（RDF）及配位数分析
    - 氢键、π-π堆积等相互作用分析
    - 均方根位移（MSD）及扩散系数
    - 自由能景观（FEL）分析（可选）


    6.     计算资源：如需超算机时，需明确体系规模与模拟时长；粗粒化模拟可显著降低计算成本

    项目案例

    常见问题
    1、Q1、如果计算结果与预期不符合怎么办？

    1.科研计算服务是一个探索的过程，其中存在不确定性。服务方对理论计算得到的数据负责， 但不保证理论数据能够与预期结果完全一致。如果需要可以对模型进行适当调整，调整过程中若增加计算或者大规模的重新计算，需增加计算费用，价格另行协商。

    2.模拟计算存在不确定性，我们对计算过程的正确性负责。计算开始之后会消耗软件，机时以及人力成本，所以不支持退款，敬请谅解


    2、Q2、模拟计算项目服务范围？

    1.计算完成之后提供所需的计算方法，计算结果数据和图文，以及关于计算结果中疑问的解答；

    2.文章回复意见中模拟计算问题进行适当的解答，若返稿后需要增加计算，需另行收费。


    3、Q3、关于模拟计算下单流程是怎么样的呢？

    1.如果是确定计算需求，可以直接在测试狗官网选择相应的项目进行下单，提交订单时需填写具体的计算内容，预期结构，分子结构及相关的参考文献。如果网站上没有对应的项目请选择【私人定制】并在需求中写明具体计算内容；

    2.如果不能确定计算内容，可以直接联系工作人员进行需求沟通。

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    1. 复测保证

    如果在订单完成之后7天内对结果存疑,可申请同条件免费复测，更换条件或者参数不能参与免费复测保障服务，全程由专业团队操作，确保结果有效性；

    2. 具体细则

    每单限1次复测机会，单次需小于5个样品; 此外免费复测样品必须为同一样，私人定制、云视频测试不可享受此服务；

    3. 注意事项

    如果由于您自身样品的情况(样品有问题/选错测试条件等)将不可享受此服务；

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    超时全额退
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    超时全额退服务说明
    1. 超时全额退

    正常预约同步辐射XAFS测试固定机时且样品正常邮寄至对应测试线站，如无不可抗力影响（停电/掉光/自然灾害/政策影响等），测试超时5个工作日未发数据，全额退款。

    2. 具体细则

    以预约的固定测试机时时间后第一个工作日为起始日期，需满足完成下单、预约机时、按照预定时间送样条件，不满足前述条件的样品不参与此活动（具体时间预约请联系工作人员确认）。

    3. 注意事项

    如果由于您自身样品的情况，如风险测试样、样品不满足测试要求，将不可享受此权益（样品风险及测试等问题可在下单前联系工作人员确认）；非固定测试机时的订单不参与超时全额退，其他测试权益正常（详情可联系工作人员）。

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