分子动力学-分子自组装-测试狗科研服务

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项目介绍

利用分子动力学方法，模拟分子在特定条件下通过非共价相互作用（氢键、疏水作用、π-π堆积、范德华力等）自发形成有序结构的动态过程，从原子尺度揭示自组装机制、形貌演化及热力学/动力学驱动力。

样品要求

1. 组装分子信息：
- 分子结构文件（MOL2、PDB、SDF格式）
- 分子化学式、拓扑结构及两亲性质（疏水/亲水链段）
- 分子数目或浓度（如分子个数、模拟盒尺寸）

2. 环境条件：
- 溶剂类型（水、有机溶剂、混合溶剂）及水分子模型（TIP3P、SPC/E）
- 温度、压力、离子种类及浓度
- pH条件（影响离子化基团）

3. 力场参数：指定力场类型（如OPLS-AA、CHARMM、COMPASS、Martini粗粒化）或由模拟方推荐

4. 模拟时长与规模：总模拟时长（通常100 ns ~ 数μs）、体系原子数/分子数规模

5. 输出要求：
- 组装形貌演化过程及最终构象快照
- 聚集数、胶束尺寸、形状参数（如长径比）
- 径向分布函数（RDF）及配位数分析
- 氢键、π-π堆积等相互作用分析
- 均方根位移（MSD）及扩散系数
- 自由能景观（FEL）分析（可选）

6. 计算资源：如需超算机时，需明确体系规模与模拟时长；粗粒化模拟可显著降低计算成本

项目案例

常见问题

1、Q1、如果计算结果与预期不符合怎么办？

1.科研计算服务是一个探索的过程，其中存在不确定性。服务方对理论计算得到的数据负责，但不保证理论数据能够与预期结果完全一致。如果需要可以对模型进行适当调整，调整过程中若增加计算或者大规模的重新计算，需增加计算费用，价格另行协商。

2.模拟计算存在不确定性，我们对计算过程的正确性负责。计算开始之后会消耗软件，机时以及人力成本，所以不支持退款，敬请谅解

2、Q2、模拟计算项目服务范围？

1.计算完成之后提供所需的计算方法，计算结果数据和图文，以及关于计算结果中疑问的解答；

2.文章回复意见中模拟计算问题进行适当的解答，若返稿后需要增加计算，需另行收费。

3、Q3、关于模拟计算下单流程是怎么样的呢？

1.如果是确定计算需求，可以直接在测试狗官网选择相应的项目进行下单，提交订单时需填写具体的计算内容，预期结构，分子结构及相关的参考文献。如果网站上没有对应的项目请选择【私人定制】并在需求中写明具体计算内容；

2.如果不能确定计算内容，可以直接联系工作人员进行需求沟通。

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