生物蛋白分子动力学_蛋白质动力学模拟-测试狗科研服务

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生物蛋白分子动力学

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项目介绍

利用分子动力学方法，在原子尺度上模拟蛋白质等生物大分子在水溶液或其他生理环境中的构象变化、动态行为及相互作用，通过求解牛顿运动方程追踪体系随时间演化的轨迹，揭示蛋白质的结构-功能关系。

样品要求

1. 蛋白质结构文件：PDB格式晶体结构或NMR结构；若无实验结构，可提供氨基酸序列进行同源建模或AlphaFold预测

2. 模拟环境条件：
- 溶剂模型（水分子类型，如TIP3P、SPC/E）
- 温度、压力、离子浓度（如Na⁺、Cl⁻浓度）及pH条件
- 是否添加配体/底物/辅因子（如有需提供结构）
- 是否模拟膜蛋白（需指定膜类型，如POPC、POPG）

3. 力场参数：指定力场类型（如AMBER、CHARMM、OPLS-AA）或由模拟方推荐

4. 模拟时长与规模：总模拟时长（如100 ns、500 ns）、体系原子数规模

5. 输出要求：
- 均方根偏差（RMSD）、均方根涨落（RMSF）
- 回旋半径（Rg）、溶剂可及表面积（SASA）
- 二级结构随时间变化分析
- 氢键网络分析、盐桥分析
- 轨迹文件及代表性构象快照
- 自由能景观（FEL）分析（可选）

6. 计算资源：如需超算机时，需明确体系大小及模拟时长

项目案例

常见问题

1、Q1、如果计算结果与预期不符合怎么办？

1.科研计算服务是一个探索的过程，其中存在不确定性。服务方对理论计算得到的数据负责，但不保证理论数据能够与预期结果完全一致。如果需要可以对模型进行适当调整，调整过程中若增加计算或者大规模的重新计算，需增加计算费用，价格另行协商。

2.模拟计算存在不确定性，我们对计算过程的正确性负责。计算开始之后会消耗软件，机时以及人力成本，所以不支持退款，敬请谅解

2、Q2、模拟计算项目服务范围？

1.计算完成之后提供所需的计算方法，计算结果数据和图文，以及关于计算结果中疑问的解答；

2.文章回复意见中模拟计算问题进行适当的解答，若返稿后需要增加计算，需另行收费。

3、Q3、关于模拟计算下单流程是怎么样的呢？

1.如果是确定计算需求，可以直接在测试狗官网选择相应的项目进行下单，提交订单时需填写具体的计算内容，预期结构，分子结构及相关的参考文献。如果网站上没有对应的项目请选择【私人定制】并在需求中写明具体计算内容；

2.如果不能确定计算内容，可以直接联系工作人员进行需求沟通。

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安心测服务说明

7天无理由

7天无理由免费复测

1. 复测保证

如果在订单完成之后7天内对结果存疑,可申请同条件免费复测，更换条件或者参数不能参与免费复测保障服务，全程由专业团队操作，确保结果有效性；

2. 具体细则

每单限1次复测机会，单次需小于5个样品; 此外免费复测样品必须为同一样，私人定制、云视频测试不可享受此服务；

3. 注意事项

如果由于您自身样品的情况(样品有问题/选错测试条件等)将不可享受此服务；

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