分子动力学-大分子对接-测试狗科研服务

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分子动力学-大分子对接

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分子动力学-大分子对接

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项目介绍

大分子对接是预测两个或多个生物大分子（如蛋白-蛋白、蛋白-核酸、蛋白-多肽）之间结合模式与相互作用界面的计算方法；结合分子动力学模拟，对复合物体系进行原子尺度动态演化，分析结合稳定性、界面构象变化及相互作用网络。

样品要求

1. 大分子结构文件：
- 受体与配体的三维结构（PDB格式）
- 若无实验结构，需提供序列进行同源建模或AlphaFold预测

2. 结合位点信息（可选）：
- 已知结合界面残基或活性位点坐标
- 若无指定，进行盲对接搜索

3. 对接参数：
- 对接软件（如ZDOCK、HADDOCK、ClusPro、RosettaDock）
- 是否考虑柔性对接（结合界面残基柔性）
- 是否包含辅因子、金属离子、配体

4. 分子动力学参数：
- 力场类型（如AMBER、CHARMM）
- 模拟时长（通常50-200 ns）
- 温度、溶剂模型、离子浓度

5. 输出要求：
- 最优对接构象及打分
- 相互作用界面残基分析（氢键、疏水相互作用、盐桥）
- 结合自由能计算（如MM-PBSA/MM-GBSA）
- 界面RMSD、RMSF分析
- 轨迹文件及复合物构象快照

6. 计算资源：如需超算机时，需明确体系原子数规模与模拟时长

项目案例

常见问题

1、Q1、如果计算结果与预期不符合怎么办？

1.科研计算服务是一个探索的过程，其中存在不确定性。服务方对理论计算得到的数据负责，但不保证理论数据能够与预期结果完全一致。如果需要可以对模型进行适当调整，调整过程中若增加计算或者大规模的重新计算，需增加计算费用，价格另行协商。

2.模拟计算存在不确定性，我们对计算过程的正确性负责。计算开始之后会消耗软件，机时以及人力成本，所以不支持退款，敬请谅解

2、Q2、模拟计算项目服务范围？

1.计算完成之后提供所需的计算方法，计算结果数据和图文，以及关于计算结果中疑问的解答；

2.文章回复意见中模拟计算问题进行适当的解答，若返稿后需要增加计算，需另行收费。

3、Q3、关于模拟计算下单流程是怎么样的呢？

1.如果是确定计算需求，可以直接在测试狗官网选择相应的项目进行下单，提交订单时需填写具体的计算内容，预期结构，分子结构及相关的参考文献。如果网站上没有对应的项目请选择【私人定制】并在需求中写明具体计算内容；

2.如果不能确定计算内容，可以直接联系工作人员进行需求沟通。

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安心测服务说明

7天无理由

7天无理由免费复测

1. 复测保证

如果在订单完成之后7天内对结果存疑,可申请同条件免费复测，更换条件或者参数不能参与免费复测保障服务，全程由专业团队操作，确保结果有效性；

2. 具体细则

每单限1次复测机会，单次需小于5个样品; 此外免费复测样品必须为同一样，私人定制、云视频测试不可享受此服务；

3. 注意事项

如果由于您自身样品的情况(样品有问题/选错测试条件等)将不可享受此服务；

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