分子动力学-大分子对接-测试狗科研服务

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分子动力学-大分子对接

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项目介绍

分别采用HEX，ZDOCK，Rosetta等软件进行蛋白-蛋白对接，蛋白-DNA等对接，验证免疫共沉淀，GST-pull down等实验结果，并合理推测结合位点，并考察蛋白之间结合稳定性及残基能量贡献，为实验后续结构突变改造提供指导，为文章的写作锦上添花。

样品要求

必需输入： 1. 受体结构文件：干净的PDB文件，需明确处理方式（如加氢、修补缺失环）。 2. 配体结构文件：包含正确质子化态和手性的3D坐标文件。 3. 关键参数：配体的电荷、质子化状态（pH）、力场选择（如AMBER, CHARMM, OPLS-AA）。建议提供：已知的实验结合数据或关键残基信息，用于验证。

项目案例

常见问题

1、Q1、如果计算结果与预期不符合怎么办？

1.科研计算服务是一个探索的过程，其中存在不确定性。服务方对理论计算得到的数据负责，但不保证理论数据能够与预期结果完全一致。如果需要可以对模型进行适当调整，调整过程中若增加计算或者大规模的重新计算，需增加计算费用，价格另行协商。

2.模拟计算存在不确定性，我们对计算过程的正确性负责。计算开始之后会消耗软件，机时以及人力成本，所以不支持退款，敬请谅解

2、Q2、模拟计算项目服务范围？

1.计算完成之后提供所需的计算方法，计算结果数据和图文，以及关于计算结果中疑问的解答；

2.文章回复意见中模拟计算问题进行适当的解答，若返稿后需要增加计算，需另行收费。

3、Q3、关于模拟计算下单流程是怎么样的呢？

1.如果是确定计算需求，可以直接在测试狗官网选择相应的项目进行下单，提交订单时需填写具体的计算内容，预期结构，分子结构及相关的参考文献。如果网站上没有对应的项目请选择【私人定制】并在需求中写明具体计算内容；

2.如果不能确定计算内容，可以直接联系工作人员进行需求沟通。

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