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    LAMMPS实操系列(三): 大量FCC-CoCrCuFeNi高熵合金建模与结构筛选
    来源: 时间:2022-11-02 16:24:10 浏览:1965次

    前面我们介绍了对于格点原子无序的FCC-CoCrCuFeNi高熵合金理论模拟中的建模思想,以及LAMMPS的程序实现,并详细解读我们编写的LAMMPS脚本,下面我们将继续介绍快速后处理结果的过程以及程序实现。

    当我们用PBS提交计算任务完成后我们可以看到,计算任务文件夹中多了1000个FCC-CoCrCuFeNi高熵合金的结构data文件以及每个结构优化过程中对应的log文件。由于我们建模时保证了每个模型都是不一样的,因此静力学结构优化后,一定可以将这些体系自由能量从底到高排列,能量最低的那个就是我们需要找的目标结构。任意打开一个log文件,可以看到每一次优化完成之后都会有自由能的输出:

    而对于每一个log文件里面会打印三次这样的信息,我们只需要抓取最后次的第三列就可以了。将每次获取的文件编号及能量写成列表,再按能量大小从小到大排序后,第一个就是我们筛选到的最优结构编号。处理程序如下:

    #!/bin/bash

    echo `echo -e "Number""\t""Energy_(eV)"` >>result.txt

    for i in {1..1000}

    do

    energy=$(echo "`grep -A 1 'Energy initial' log.$i | tail -1|awk '{printf "%12f \n", $3}'`")

    echo `echo -e $i"\t"$energy` >> result.txt

    done

    echo "print(''.join(sorted(open('result.txt'), key=lambda s: s.split()[1],reverse=1)))" > sort.py

    python sort.py > sorted.txt

    rm sort.py

    该程序命名为ad.sh,我们通过再次计算任务文件夹中./ad.sh运行该程序,可得到排序后的文件sorted.txt。打开sorted.txt第一行就是我们要找的能量最小,也就是最优的结构。

    从图中可以看到,能量最小最优的结构是620号data文件,我们找到FeNiCrCoCu_620.data文件,通过OVITO可视化软件打开,就可以得到最优结构的可视化图如下:

    到此为止,我们利用LAMMPS程序以及bash脚本建立大量FCC-CoCrCuFeNi高熵合金建模与最稳定结构的筛选就介绍完了,接下来我们将根据我们筛选出来的最优结构,做一些课题的研究,敬请各位读者关注我们的更新。


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    12条评论
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    全部 3小时前 四川
    文字是人类用符号记录表达信息以传之久远的方式和工具。现代文字大多是记录语言的工具。人类往往先有口头的语言后产生书面文字,很多小语种,有语言但没有文字。文字的不同体现了国家和民族的书面表达的方式和思维不同。文字使人类进入有历史记录的文明社会。
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