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LAMMPS实操系列（三）: 大量FCC-CoCrCuFeNi高熵合金建模与结构筛选

来源：时间：2022-11-02 16:24:10 浏览：1537次

前面我们介绍了对于格点原子无序的FCC-CoCrCuFeNi高熵合金理论模拟中的建模思想，以及LAMMPS的程序实现，并详细解读我们编写的LAMMPS脚本，下面我们将继续介绍快速后处理结果的过程以及程序实现。

当我们用PBS提交计算任务完成后我们可以看到，计算任务文件夹中多了1000个FCC-CoCrCuFeNi高熵合金的结构data文件以及每个结构优化过程中对应的log文件。由于我们建模时保证了每个模型都是不一样的，因此静力学结构优化后，一定可以将这些体系自由能量从底到高排列，能量最低的那个就是我们需要找的目标结构。任意打开一个log文件，可以看到每一次优化完成之后都会有自由能的输出：

而对于每一个log文件里面会打印三次这样的信息，我们只需要抓取最后次的第三列就可以了。将每次获取的文件编号及能量写成列表，再按能量大小从小到大排序后，第一个就是我们筛选到的最优结构编号。处理程序如下：

#!/bin/bash

echo `echo -e "Number""\t""Energy_(eV)"` >>result.txt

for i in {1..1000}

do

energy=$(echo "`grep -A 1 'Energy initial' log.$i | tail -1|awk '{printf "%12f \n", $3}'`")

echo `echo -e $i"\t"$energy` >> result.txt

done

echo "print(''.join(sorted(open('result.txt'), key=lambda s: s.split()[1],reverse=1)))" > sort.py

python sort.py > sorted.txt

rm sort.py

该程序命名为ad.sh，我们通过再次计算任务文件夹中./ad.sh运行该程序，可得到排序后的文件sorted.txt。打开sorted.txt第一行就是我们要找的能量最小，也就是最优的结构。

从图中可以看到，能量最小最优的结构是620号data文件，我们找到FeNiCrCoCu_620.data文件，通过OVITO可视化软件打开，就可以得到最优结构的可视化图如下：

到此为止，我们利用LAMMPS程序以及bash脚本建立大量FCC-CoCrCuFeNi高熵合金建模与最稳定结构的筛选就介绍完了，接下来我们将根据我们筛选出来的最优结构，做一些课题的研究，敬请各位读者关注我们的更新。

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