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ASE原子模拟环境计算程序安装教程
来源: 时间:2022-12-16 16:20:13 浏览:1175次



安装要求

基本要求

* Python 3.6或更新版本

* NumPy (基础 N-dimensional array 包)

* SciPy (科学计算库)

可选并强烈推荐安装

  • Matplotlib (绘图)  

  • tkinter (for ase.gui-ASE图形界面所需的库,CentOS系统自带的python默认编译是没有tkinter的,需要重新编译python)

可选安装

  • Flask (用于ase.db网页界面所需)  

  • pytest  (用于测试)  

  • pytest-mock  (用于更全面的测试)  

  • pytest-xdist  (用于并行运行测试)  

  • spglib  (用于某些与对称相关的特征)




使用系统软件包管理器安装

Linux

ASE支持主要的GNU/Linux发行版(包括Debian、Ubuntu、Arch、Fedora、Red Hat和CentOS),并有对应的一个python-ase包,可以在你的系统上安装它。系统会自动管理依赖关系,并使ASE对所有用户可用。

注意:不同的Linux发行版,对应的ASE包版本不一定是最新的。

Max OSX(Homebrew)

Mac OSX中包含的旧版本Python与ASE不兼容,并且不包括pip包管理器。在下一节中介绍的使用pip安装ASE之前,Mac用户需要安装适当的Python版本。一种选择是使用Homebrew包管理器,它提供了Python 3的最新版本,包括pip和tkinter图形界面绑定:


$ brew install python

使用pip安装1

建议使用anaconda的python,方便安装和版本管理。安装ASE最简单的方法是使用pip,它会自动从PyPI获取源代码:

$ pip install --upgrade --user ase

如果要运行测试,可使用:

$ pip install --upgrade --user ase[test]

Python会将ASE安装到可以自动找到ASE的本地文件夹中。ASE的命令行工具将安装在以下位置:

操作系统路径
Unix and Mac OS X~/.local/bin
Homebrew~/Library/Python/X.Y/bin
Windows%APPDATA%/Python/Scripts

请参考环境变量章节,正确设置环境变量。 在使用ASE前,参考ASE的安装测试环节,进行测试。 注意: 如果你的系统中,没有安装numpy,scipy和matplotlib模块,请参考下面命令安装:

$ pip install --upgrade --user numpy scipy matplotlib

如果在安装过程中出现Cannot uninstall 'pyparsing'

pip install -I pyparsing

即可解决




从源码安装

作为pip方式安装的替代方案,您还可以下载源代码.tar文件或Git方式获取源码。

tar文件

你可以下载最新版ase-3.22.1.tar.gz或者开发测试版ase-3.23.0b1.tar.gz。其它版本,可参考ASE官网列表解压:

$ tar -xf ase-3.17.0.tar.gz

Git clone

或者,你也可以使用git clone命令可以从https://gitlab.com/ase/ase获取指定版本的源码:

$ git clone -b 3.22.1 https://gitlab.com/ase/ase.git

或者安装开发版

$ git clone https://gitlab.com/ase/ase.git

pip

使用pip命令从ase的git主目录安装

$ pip install --upgrade git+https:[email protected]

--upgrade参数可以确保您总是重新安装,即使版本号没有更改。

添加用户环境变量即可使用,具体请参考环境变量章节当然也可以在源码目录下,执行python setup.py install --user命令进行安装,然后再添加环境变量。




环境变量

ASE需要定义两个环境变量:

$PATH:

定义ase可执行文件路径

$PYTHONPATH:

定义python模块路径

在用户主目录下的.bashrc文件中,添加如下

$ export PYTHONPATH=<path-to-ase-package>:$PYTHONPATH

$ export PATH=<path-to-ase-command-line-tools>:$PATH

或者在用户主目录下的.cshrc文件中,添加如下:

$ setenv PYTHONPATH <path-to-ase-package>:${PYTHONPATH}

$ setenv PATH <path-to-ase-command-line-tools>:${PATH}




运行测试

运行测试前,请确保环境变量已经正确设置

测试命令:

ase tes


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12条评论
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全部 3小时前 四川
文字是人类用符号记录表达信息以传之久远的方式和工具。现代文字大多是记录语言的工具。人类往往先有口头的语言后产生书面文字,很多小语种,有语言但没有文字。文字的不同体现了国家和民族的书面表达的方式和思维不同。文字使人类进入有历史记录的文明社会。
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