网站地图 关于 合作 招聘 帮助

    热线:400-152-6858

    测试狗科研服务

    预存 定制
    Document
    当前位置:文库百科文章详情
    ASE原子环境模拟之调用外部计算软件的方法
    来源: 时间:2022-12-16 16:35:08 浏览:1625次

    许多外部计算软件可以与ASE一起使用,包括 GPAW, Abinit, Vasp, Siesta, Quantum ESPRESSO, Asap, LAMMPS 等等, 详细请查阅支持计算软件完整的清单.




    使用ASE调用计算软件


    这里将介绍如何在ASE中调用外部计算软件的方法。我们使用Vasp作为例子,其他计算软件也可以以类似的方式使用。有关详细信息,请参阅支持计算软件的完整清单。

    重要提示:ASE不提供VASP的代码或许可,这些必须从其他地方获得。ASE只使用VASP创建一个接口,由此将ASE提供的工具与VASP一起使用。




    配置环境变量


    首先,需要告诉ASE哪里能找到VASP的可执行文件,以及在哪里找到赝势。你需要定义两个环境变量:

    
    

    $ export ASE_VASP_COMMAND="mpirun -np XX $HOME/vasp/bin/vasp_std"

    $ export VASP_PP_PATH=$HOME/vasp/mypps

    第一个环境变量ASE_VASP_COMMAND是执行VASP的默认方式,应该以与正常执行VASP运行相同的方式定义它。这里我们假设VASP可执行文件vasp_std位于$HOME/VASP/bin中。注意,如果希望并行执行VASP,这个调用还应该包括MPI可执行文件mpirun或mpiexec,在本例中为mpirun。 第二个变量VASP_PP_PATH是到VASP赝势库的路径。

    vdw_kernel.bindat是一个额外(可选)变量文件,在进行范德华计算时需要,其中luse_vdw=True

    
    

    $ export ASE_VASP_VDW=$HOME/<path-to-vdw_kernel.bindat-folder>

    注意,这是针对文件夹,而不是文件本身。




    运行测试


    ASE知道了如何执行VASP,我们可以尝试设置一个简单的计算。首先我们建立一个原子对象。首先我们建立原子对象。

    
    

    from ase.build import molecule

    atoms = molecule('N2')

    atoms.center(vacuum=5)

    为了执行VASP DFT计算,我们现在设置了一个计算器对象。

    
    

    from ase.calculators.vasp import Vasp

    calc = Vasp(xc='pbe',  # 选择交换关联函数

               encut=400, # 平面波截断

               kpts=(1, 1, 1)) # k点

    atoms.calc = calc

    en = atoms.get_potential_energy()  # 这个调用将开启计算

    print('Potential energy: {:.2f} eV'.format(en))

    这将产生以下输出:

    
    

    Potential energy: -16.59 eV

    ASE与VASP接口的流程是,ASE处理写输入文件,这是运行所必需的,然后执行ASE_VASP_COMMAND,即执行VASP。一旦VASP运行完成,ASE然后读取所有相关文件,在本例中是OUTCAR、vasprun  .xml和CONTCAR,并将属性存储在计算器对象中。有关VASP功能的更多信息,请参阅VASP。对于其他计算软件请参考相关页面。


    计算狗·模拟计算

    评论 / 文明上网理性发言
    12条评论
    全部评论 / 我的评论
    最热 /  最新
    全部 3小时前 四川
    文字是人类用符号记录表达信息以传之久远的方式和工具。现代文字大多是记录语言的工具。人类往往先有口头的语言后产生书面文字,很多小语种,有语言但没有文字。文字的不同体现了国家和民族的书面表达的方式和思维不同。文字使人类进入有历史记录的文明社会。
    点赞12
    回复
    全部
    查看更多评论
    相关文章

    晶体结构可视化软件 VESTA使用教程(下篇)

    2021-01-22

    【科研干货】电化学表征:循环伏安法详解(上)

    2019-10-25

    手把手教你用ChemDraw 画化学结构式:基础篇

    2021-06-19

    【科研干货】电化学表征:循环伏安法详解(下)

    2019-10-25

    晶体结构可视化软件 VESTA使用教程(上篇)

    2021-01-22

    TEM照片处理软件 Digital Micrograph的进阶操作

    2020-11-02

    项目推荐/Project
    第一性原理-形成能

    第一性原理-形成能

    第一性原理-声子谱

    第一性原理-声子谱

    热门文章/popular

    晶体结构可视化软件 VESTA使用教程(下篇)

    电化学实验基础之电化学工作站篇 (二)三电极和两电极体系的搭建 和测试

    【科研干货】电化学表征:循环伏安法详解(上)

    手把手教你用ChemDraw 画化学结构式:基础篇

    【科研干货】电化学表征:循环伏安法详解(下)

    晶体结构可视化软件 VESTA使用教程(上篇)

    微信扫码分享文章

    意见反馈

    有奖举报

    商务合作

    公众号

    关注我们 了解更多

    小程序

    随时预约 掌握进度

    举报有奖

    TEL: 191-3608-6524

    如:在网络上恶意使用“测试狗”等相关关键词误导用户点击、恶意盗用测试狗商标、冒称官方工作人员等情形,请您向我们举报,经查实后,我们将给予您奖励。

    举报内容:

    200

    上传附件:
    文件格式不正确,请重新上传文件格式不正确,请重新上传文件格式不正确,请重新上传
    文件格式:jpg、jpeg、png、gif、tif、doc、docx、ppt、pptx、xls、xlsx、pdf、zip、rar
    联系方式
    姓名
    电话
    提交意见

    意见反馈

    Suggestions

    您可以在此留下您宝贵的意见,您的意见或问题反馈将会成为我们不断改进的动力。

    意见类型
    测试服务
    网站功能
    财务报账
    其他类型
    意见内容

    200

    联系方式
    姓名
    电话
    提交意见

    收起

    Document
    关于我们 新手帮助 测试干货 商务合作 基金查询 相关资质 模拟计算 现场测试 服务项目 科研绘图 同步辐射 全进口设备

    联系方式/contact

    400-152-6858

    工作时间/work time

    09:00-18:00

    测试狗公众号

    关注我们 了解更多

    测试狗小程序

    随时预约 掌握进度

    蜀公网安备51010602000648号

    蜀ICP备17005822号-1

    成都世纪美扬科技有限公司

    Copyright@测试狗·科研服务