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实用教程丨如何用atomsk+LAMMPS大量建立SrTiO3层错模型并筛选出最优结构？

来源：科学10分钟时间：2021-08-17 21:58:04 浏览：2303次

本文内容介绍一下atomsk源码包中的一个例子，该例子以SrTiO3中的x=[001] y=[110] z=[1-10]的晶向为晶格基失，通过atomsk大量建立xy面上，同时沿x,y方向产生连续大小位移的层错结构，用LAMMPS计算层错能，筛选出层错能最小的结构。

该例子在atomsk的examples/SrTiO3_gamma_surface文件夹中，我们打开脚本sto.sh可以看到该计算目的说明，以及需要的运行环境：atomsk+LAMMPS+lmp_atom2charge+gnuplot

其中lmp_atom2charge将LAMMPS的atomic类型的data文件转换为charge类型的data文件脚本，在atomsk源码包中的tools文件夹中可以直接下载。gnuplot为绘图程序，通过：

sudo apt-get(yum -y) install gnuplot直接从数据库中自动下载配置即可。

建模过程详细如下：

首先用atomsk建立了x=[001] y=[110] z=[1-10]方向的SrTiO3单包，然后扩包为1x1x8的超胞，将x，y方向模拟盒子长度分别均分为10份（单位长度tauX）和16份（单位长度tauY）循环建立，同时沿x, y方向的层错结构并计算其层错能。最后用gunplot绘图：

运行命令：chmod +x sto.sh

./sto.sh

运行完毕后如下：

该脚本会自动调用gnuplot绘出层错能和x，y方向位移的关系：

这样我们就可以很直观的可以看到，满足要求最优层错结构的位置了，根据输出的结构文件，挑出最稳定的层错结构进行下一步工作。

这里例子取得步长为沿x,y方向均分为10和16份，如果再取密一点可以得到更精确的结果。

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