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    实用教程丨如何用atomsk+LAMMPS大量建立SrTiO3层错模型并筛选出最优结构?
    来源:科学10分钟 时间:2021-08-17 21:58:04 浏览:2180次

    本文内容介绍一下atomsk源码包中的一个例子,该例子以SrTiO3的x=[001] y=[110] z=[1-10]的晶向为晶格基失,通过atomsk大量建立xy面上,同时沿x,y方向产生连续大小位移的层错结构,用LAMMPS计算层错能,筛选出层错能最小的结构。

    该例子在atomskexamples/SrTiO3_gamma_surface文件夹中,我们打开脚本sto.sh可以看到该计算目的说明,以及需要的运行环境:atomsk+LAMMPS+lmp_atom2charge+gnuplot

    其中lmp_atom2charge将LAMMPS的atomic类型的data文件转换为charge类型的data文件脚本,在atomsk源码包中的tools文件夹中可以直接下载。gnuplot为绘图程序,通过:

    sudo apt-get(yum -y) install gnuplot直接从数据库中自动下载配置即可。

    建模过程详细如下:

    首先用atomsk建立了x=[001] y=[110] z=[1-10]方向的SrTiO3单包,然后扩包为1x1x8的超胞,将x,y方向模拟盒子长度分别均分为10份(单位长度tauX)和16份(单位长度tauY)循环建立,同时沿x, y方向的层错结构并计算其层错能。最后用gunplot绘图:

    运行命令:chmod +x sto.sh

                    ./sto.sh

    运行完毕后如下:

    该脚本会自动调用gnuplot绘出层错能和x,y方向位移的关系:

    这样我们就可以很直观的可以看到,满足要求最优层错结构的位置了,根据输出的结构文件,挑出最稳定的层错结构进行下一步工作。

    这里例子取得步长为沿x,y方向均分为10和16份,如果再取密一点可以得到更精确的结果。

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    12条评论
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    全部 3小时前 四川
    文字是人类用符号记录表达信息以传之久远的方式和工具。现代文字大多是记录语言的工具。人类往往先有口头的语言后产生书面文字,很多小语种,有语言但没有文字。文字的不同体现了国家和民族的书面表达的方式和思维不同。文字使人类进入有历史记录的文明社会。
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