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项目介绍

      对感兴趣的蛋白进行功能注释,以便于理解这些蛋白的各种生物学意义。功能注释包括:Gene Ontology 功能,KEGG 通路,蛋白结构域,亚细胞定位,Complex ( 复合体 ),COG/KOG 注释。

Gene Ontology分析

     GO 分析是一种能够将基因与基因产物(如蛋白质)的各项信息有机联系在一起的生物信息学分析方法,包括 Biological Process(生物进程),Cellular Component(细胞组成),Molecular Function(分子功能)。主要来源于 UniProt-GOA 数据库,并使用 InterProScan 预测进行补充注释。

KEGG通路注释

      KEGG 是系统分析蛋白和化合物在细胞中的代谢途径以及蛋白功能的数据库。使用 KEGG 在线服务工具 KAAS 和 KEGG mapper 获取 KEGG 通路注释的结果。

蛋白结构域注释

      蛋白结构域是蛋白质中在序列上具有保守性,且一般情况下可以独立行使功能的特定蛋白区域,与蛋白质完成生理功能有着密切的关系,经常被用于蛋白质分子进化和功能学的研究。我们基于 Pfam、SMART 和 Interpro 等数据库提供蛋白质结构域的功能注释信息。

亚细胞定位

      蛋白质只有转运到正确的位置才能参与细胞的各种生命活动,我们对真核生物和原核生物分别使用 wolfpsort 软件和 CELLO 软件预测蛋白质的亚细胞结构定位信息。

Complex(复合体)

     蛋白复合体是由两个以上功能相关的蛋白通过二硫键或其它蛋白质相互作用所形成的复合物。蛋白复合体种类繁多,很多性质和功能还未研究透彻,是蛋白质组学的重要研究对象。我们基于 CORUM 网站进行蛋白质复合体的注释(仅针对人和小鼠两个物种)。

COG/KOG注释

     COG,即 Clusters of Orthologous Groups of proteins。构成每个 COG 的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白,并且因此或者是直系同源蛋白(orthologs)或者是旁系同源蛋白(paralogs)。原核生物的一般称为 COG 数据库;真核生物的一般称为 KOG 数据库。基于 COG/KOG 数据库进行蛋白质功能注释,可以准确地确定 orthologs 和 paralogs。


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   详情请联系技术经理。

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